Zur Deckung der Kosten, die durch das Amtszimmer in einer Dienstwohnung entstehen, wird von den Landeskirchen auf je unterschiedliche Weise ein Beitrag gezahlt, der meist als Amtszimmerpauschale bezeichnet wird. In manchen Landeskirchen wird diese Amtszimmerpauschale versteuert. Die Versteuerung ist aber nicht nötig, wenn das Amtszimmer nicht in die Mietwertberechnung mit eingeflossen ist und vom Dienstherrn zugewiesen wurde.

In der Braunschweigischen Landeskirche etwa ist es üblich, dass die Amtszimmerpauschale, die durch die Gemeinde an den/die Pfarrstelleninhaber/in gezahlt wird, dann als Gehaltsbestandteil verrechnet und der Versteuerung zugeführt wird. Nach Aussage eines Sachbearbeiters des Finanzamtes Braunschweig-Wilhelmstraße ist diese Versteuerung überflüssig, wenn das Amtszimmer nicht in die Mietwertberechnung einbezogen wurde:
"Hat der Geistliche ein Dienst- bzw. Amtszimmer, das nicht in die Mietwertberechnung einzubeziehen ist, so bleibt die Amtszimmerpauschale als Aufwandsentschädigung steuerfrei nach § 3 Nr. 12 Satz 2 Einkommensteuergesetz (EStG), weil sie aus einer öffentlichen Kasse an öffentliche Dienste leistende Personen gezahlt wird und davon ausgegangen werden kann, dass dem Empfänger wegen der Nutzung des Zimmers ein entsprechender Aufwand erwächst. Ein Lohnsteuerabzug des Arbeitgebers ist daher in diesen Fällen nicht vorzunehmen."
Es wird dabei ausdrücklich zwischen "Arbeits-" und "Dienst- bzw. Amtszimmer" unterschieden.
Leider hat die Kirchenleitung bis dato nicht auf die Versteuerung der Amtszimemrpauschale in diesen Fällen verzichtet, wobei sie sich auf eine Verfügung der OFD Hannover beruft. Allerdings tut sie dies erst, nachdem die Höhe der ausgezahlten Amtszimmerpauschale durch den/die Pfarrstelleninhaber/in mitgeteilt wurde.